Baseia-se unicamente na função das peças. Devem-se estabelecer as maiores tolerância possíveis a fim de permitir a maior liberdade na construção.
Um conjunto de peças como o da figura tem a designação de conjunto funcional e cada uma das peças chama-se elemento funcional. As superfícies de contacto chamam-se superfícies funcionais e as cotas referidas às superfícies funcionais, chamam-se cotas funcionais.
Note, que é possível admitir cotagens funcionais diferentes para a mesma peça, atendendo à função que ela desempenhe. No exemplo seguinte só se considerem as cotas paralelas ao eixo longitudinal, que são as que nos interessam para esse caso. O projectista tem assim, que saber com exactidão, o fim a que se destinam as peças a cotar.
Exemplo:
A peça 1 é utilizada para verificar a profundidade do furo da peça 2, através da medição da cota total t, quando as peças estão em contacto através da superfície S1. Assim temos que fixar a cota d. É necessário que a superfície S2 da peça 1, não toque na peça 2, o que impõe a fixação da cota d2.
